Początkowo ksiądz Jerzy miał być pochowany na cmentarzu na Powązkach. Ale delegacja hutników poprosiła Prymasa Polski, by wyraził zgodę na złożenie ciała na Żoliborzu. Kard. Glemp na tę propozycję przystał.
Przygotowania do pogrzebu zaczęły się już w nocy. Także duchowe. Bo na trawnik przed kościołem księża wynieśli konfesjonały. Przenikliwe zimno nie odstraszyło stojących w długich kolejkach ludzi. Wielu spowiadało się wtedy po kilkunastu lub kilkudziesięciu latach, a nawet z całego życia. W tym samym czasie długa kolejka prowadziła do bocznych drzwi kościoła, przez które można było wejść do świątyni i przejść obok trumny z ciałem ks. Jerzego. Nad głównym wejściem, na balkonie siostry przygotowały ołtarz. Szybko okazało się, że nie ma już na nim miejsca na kwiaty. Kilka kobiet zaczęło wynosić całe naręcza do zakrystii, a gdy i tam zabrakło miejsca, po prostu ludzie oplatali kwiatami parkan przed kościołem. Na ogrodzeniu zawieszali też transparenty. A wokoło ogrodzenia stawiali zapalone znicze.
Około piątej nad ranem trumna z ciałem księdza Jerzego została wyniesiona przed kościół. Przyjaciele kapłana postawili ją na katafalk pokryty biało-czerwoną flagą. Cały czas siedziało tam nieruchomo dwoje staruszków: rodzice zamordowanego kapłana.
Tłum gęstniał. Zapełniał plac i park przed kościołem, okoliczne ulice, dachy domów, gałęzie drzew. Takiego zgromadzenia stolica dawno już nie widziała.
Mszę św. żałobną poprowadził Prymas Polski. Do koncelebry dołączyło się ponad tysiąc księży, którzy stali wokoło trumny. Ludzi było w sumie blisko milion. „Odpuszczamy zabójcom ks. Popiełuszki. Nie mamy do nikogo nienawiści, a jedynie prosimy, aby Bóg przyjął niewinne ofiary przemocy” - mówił łamiącym się głosem kard. J. Glemp. Homilii tłum słuchał w absolutnej ciszy.
Przez cały czas ludzie z rąk do rąk podawali sobie wieńce i kwiaty, by ci, którzy stali najbliżej położyli je na trumnie. Zresztą było tak przez wiele dni, tygodni, a nawet miesięcy, bo do grobu wciąż ustawiały się długie kolejki. Pielgrzymi przybywają tu do dziś.