Bp Kaczmarek opuścił komunistyczne więzienie zarażony bakteriami w przewodzie pokarmowym. Tym samym komuniści skazali go na powolną śmierć. Czuł się coraz gorzej. Wybitni lekarze z Warszawy wykryli śmiercionośne bakterie, zaleczyli ich chorobowe działanie i na kilka lat przedłużyli mu życie. Tę informację przekazał śmiertelnie chory Pasterz ks. E. Chatowi w Lublinie.
W 1957 r. w kilku parafiach katolickich na terenie Polski funkcjonariusze UB podsycali lub wzniecali niepokój między parafianami i duszpasterzami. Na tej drodze w parafii Bolesław k. Olkusza komunistyczne władze wykorzystały niezadowolenie parafian z wymiany ich duszpasterzy. Po burzliwych zajściach w parafii osiedli narodowcy. Podobne niebezpieczeństwo zaczęło zagrażać innym parafiom. Był to mocny cios zadany biskupowi diecezji, zatroskanemu o jedność wiary Kościoła. Po swojej stronie bp Kaczmarek miał obowiązujące prawo państwowe, niestety ustalonego prawa nie respektowali rządzący państwem. Sądy o kościół i zabudowania parafialne przyznawały wygraną katolikom, wyroki jednak pozostawały tylko na papierze.
Pod koniec lat 50. nieco okrzepła u władzy ekipa W. Gomułki wznieciła dużą falę nienawiści do Kościoła i biskupów. A biskupi mobilizowali do manifestacji wiary w przygotowaniu uroczystości milenijnych. Wierni szli za głosem biskupów, nie reżimowej władzy. Gomułkę doprowadzały do szału krzyże wiszące na ścianach sal szkolnych. Na diecezję nałożono bajońskie sumy podatków. Seminarium Duchownemu wymierzono nie do spłacenia domiary od metra powierzchni budynku, nawet jadalni. Władze rekwirowały własność diecezjalną. Ordynariusz z Kielc mężnie stanął w obronie prześladowanego Kościoła. Wtedy w 1959 r. w katedrze kieleckiej wygłosił pamiętne kazanie w obronie wiary, którym według komunistów obraził Chiny Ludowe. W odpowiedzi rząd PRL podjął kuriozalną decyzję, „pozbawił” biskupa „stanowiska ordynariusza diecezji kieleckiej”. Przeciw niemu próbowano zbuntować duchowieństwo diecezjalne. Kapłani jednak trwali wiernie przy swoim biskupie. Prymas i niektórzy biskupi polscy w trosce o dobro Kościoła nakłaniali bp. Kaczmarka do opuszczenia na pewien czas diecezji. Tymczasem Jan XXIII napisał słynny list do Pasterza kieleckiego, w którym bolał nad jego losem i utwierdzał go w niezłomnej postawie obrońcy Kościoła.
Treść listu papieskiego do bp. Kaczmarka była znana rządzącym. Jednak w grę nie wchodziło już powtórne uwięzienie. Skierowano więc w Biskupa bezprecedensowe ciosy. Kapłanom i klerykom kieleckim przesłano drukowany niemoralny paszkwil na Pasterza, by im go zohydzić. Amoralne oszczerstwa nagłaśniano w diecezji. Kapłan apostata, autor tego paszkwilu, od lat odpłatnie współpracował z UB. I tym razem duchowieństwo diecezjalne było wierne sponiewieranemu Biskupowi, jeszcze bardziej podziwiało go.
Innym potężnym ciosem wymierzonym w Biskupa Kieleckiego był w 1959 r. bezprecedensowy pobór alumnów Seminarium Duchownego do wojska. O dwuletniej służbie wojskowej kleryków decyzję podjęto w KC PZPR jako działanie represyjne wobec Kościoła, dla zredukowania liczby duchowieństwa i by na przyszłość zmarginalizować wpływ religii na społeczeństwo. Wkrótce po poborze z Kielc, do wojska wcielono kleryków z innych seminariów. Jakże wzruszająco żegnał Biskup poborowych alumnów, a wierni z Kielc gromadnie odprowadzali ich na stację PKP. W bolesnym wcieleniu alumnów do wojska bp Kaczmarek widział Boży plan. Według niego alumni byli w koszarach, gdy tam nie było miejsca dla kapelanów wojskowych. W wojsku dano im odpowiednio instruowanych oficerów, a całą strategię odciągania ich od powrotu do Seminarium przez wiele lat opracowywał gen. dyw. Wojciech Jaruzelski. Biskup cieszył się każdym klerykiem przyjeżdżającym na urlop, a jeszcze bardziej powracającymi do Seminarium po zakończeniu służby wojskowej.
Całe 25 lat posługi biskupiej ks. Czesława Kaczmarka w diecezji kieleckiej naznaczone jest krzyżem, ale ten najcięższy nakładał na niego bezbożny system komunistyczny. Sam Pasterz był mocny Krzyżem Chrystusa na różnych płaszczyznach posługi dla diecezjan. Jego wielkość uwidoczniła się w wielkości cierpień, które znosił, nie tracąc pogody ducha ani równowagi wewnętrznej. W testamencie odczytanym podczas pogrzebu pisał: „Moim wrogom, którzy niesłusznie przydali mi tyle krzyża i cierpień, mimo wszystko przebaczam, starając się naśladować Chrystusa Miłosiernego”. Z dręczonym Ordynariuszem coraz wyżej urastał kielecki krzyż, który diecezjan umacniał w przyjaźni i zażyłości z Chrystusem.
W 40. rocznicę śmieci bp. Czesława Kaczmarka diecezjanie kieleccy łączą się ze swoim Pasterzem w tajemnicy Świętych Obcowania. Modlą się za niego i mają w nim swojego niebieskiego orędownika.