Jego historia rozpoczęła się w starożytności, niewykluczone, że wkrótce po wojnie trojańskiej. Jak głosi legenda, założyć je mieli uciekinierzy z Troi po słynnej wojnie opisanej przez Homera. Według badań archeologicznych, początki osadnictwa w Butrincie, w regionie Epiru na dzisiejszym pograniczu albańsko-greckim, przypadły na XII wiek przed Chr., ale osadę założyli nie Trojanie, lecz Chaonowie, starożytne plemię prehellenistyczne.

Zwiedzając Butrint, można zobaczyć sporo naleciałości różnych kultur i architektury. Strategiczne położenie miasta powodowało, że często o nie walczono i wielokrotnie przechodziło z rąk do rąk. Przejmowali je: hellenistyczne królestwo Epiru, cesarstwa rzymskie, bizantyjskie, bułgarskie, Wenecjanie, wreszcie Osmanowie i w końcu Albańczycy.