Zgromadzenie św. Michała Archanioła (potocznie michalici) zostało założone przez bł. ks. Bronisława Markiewicza (1848–1912). Początki wspólnoty sięgają 1897 r. i są związane z miejscowością Miejsce Piastowe. Za życia ks. Markiewicza powstało 11 placówek zakonnych, a dynamiczny rozwój zgromadzenia przypadał na okres międzywojenny. W 1921 r. zgromadzenie za sprawą biskupa krakowskiego Adama Sapiehy uzyskało oficjalne zatwierdzenie kościelne. Ks. Markiewicz został ogłoszony błogosławionym 19 czerwca 2005 r. w Warszawie.

Maryjny Instytut Różańcowy

Genezy michalitów w Toruniu trzeba szukać jeszcze przed II wojną światową. W 1936 r. ks. Franciszek Nowakowski, kapłan diecezji włocławskiej, powołał do istnienia w Toruniu Maryjny Instytut Różańcowy. Siedziba Instytutu mieściła się przy ul. Rybaki 59, a obok znajdowała się kaplica, która gromadziła wiernych, szczególnie czcicieli Matki Bożej Różańcowej.

Ks. Nowakowski zwrócił się w 1939 r. z prośbą do michalitów, aby pomogli mu prowadzić instytut. Jeszcze przed wybuchem wojny władze zgromadzenia skierowały do posługi w Toruniu dwóch kapłanów – ks. Bartłomieja Sławińskiego i ks. Feliksa Skrzypkowiaka.

Wybuch II wojny światowej i okupacja hitlerowska zawiesiły działalność instytutu. W 1945 r. wycofujący się okupant spalił jego siedzibę. W kilka lat po zakończeniu wojny, 15 lipca 1948 r., ks. Nowakowski przekazał własność Instytutu Zgromadzeniu św. Michała Archanioła.

W drodze do parafii

Michalici szybko przystąpili do organizowania zarówno domu zakonnego, jak i placówki duszpasterskiej. Pierwszym rektorem nowej wspólnoty został ks. Paweł Borkowski. Odremontowano zniszczoną podczas wojny kaplicę. Uroczystego otwarcia odnowionej kaplicy dokonał biskup chełmiński Kazimierz Kowalski 4 sierpnia 1949 r.

W 1959 r. po erygowaniu publicznej kaplicy pw. św. Michała Archanioła michalici otrzymali uprawnienia rektoratu. Dekretem z 24 sierpnia 1970 r. bp Kazimierz Kowalski ustanowił przy kaplicy ośrodek duszpasterski, wydzielając dla niego terytorium z parafii Świętych Janów oraz z parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. W grudniu tego samego roku ustanowił on przy kościele ekspozyturę duszpasterską. Dekret wchodził w życie 1 stycznia 1971 r.

Dekretem z 12 marca 1976 r. bp Bernard Czapliński erygował 1 kwietnia parafię pw. św. Michała Archanioła. W dokumencie czytamy: „Dla nowej parafii wydzielam z parafii pw. św. Jana i Najświętszej Maryi Panny terytorium, wchodzące dotąd w zakres Ośrodka duszpasterskiego, którego granice przebiegają ulicami po obu stronach następująco: ul. Danielewskiego, ul. Konopnickiej, ul. Słowackiego (od ul. Konopnickiej), ul. Broniewskiego do granicy parafii Górsk (tory kolejowe), po stronie południowej wzdłuż Wisły”.

Budowa kościoła

Michalici niemalże od początku swojej obecności w Toruniu podejmowali starania, aby uzyskać zgodę na budowę świątyni. W tej sprawie od 1957 r. składali regularnie prośby do władz miejskich; niestety, bez pozytywnego skutku. W 1973 r. ks. Walerian Moroz napisał nawet zażalenie do Ministerstwa Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska w Warszawie.

Władze zezwoliły tylko na rozbudowę istniejącej kaplicy 23 sierpnia 1977 r. W 1979 r. parafianie dwukrotnie zbierali podpisy wiernych i wystosowali petycje do władz miejskich i tego samego roku Wydział do spraw Wyznań w Toruniu wydał wreszcie zgodę na budowę nowego kościoła. Wydaje się, że był to skutek petycji wiernych świeckich oraz jeden z owoców pierwszej pielgrzymki papieża Jana Pawła II do ojczyzny.

Po otrzymaniu odpowiednich zezwoleń

13 sierpnia 1981 r. rozpoczęto budowę nowego kościoła. Pracami kierował ówczesny proboszcz ks. Stanisław Klocek. Kamień węgielny pochodzący ze Świętych Drzwi Bazyliki św. Piotra wmurował bp Marian Przykucki 29 czerwca 1983 r., a 30 maja 1987 r. poświęcił świątynię. Bp Andrzej Suski dodał drugiego patrona parafii w osobie bł. Bronisława Markiewicza 18 października 2005 r.